PaketAbhängigkeiten sorgen dafür, dass der PaketManager beim der Installation eines Programmes überprüfen kann, dass alles, was das Programm auf dem System zum Laufen benötigt, vorhanden ist.
Sind die Abhängigkeiten nicht erfüllt, bricht der Paketmanager normalerweise die Installation mit einer Fehlermeldung ab.
Es gibt Systeme, die dem PaketManager vorgelagert sind (beispielsweise YaST und Apt) und beim Versuch, ein Programm zu installieren, selbsttätig fehlende Pakete mit installieren.
Ansonsten muss der Anwender selbst zuerst die fehlenden Pakete besorgen und installieren, bevor das Programm installiert werden kann.
Bei RPM gibt es auch die Möglichkeit, ein Paket mit dem Parameter --nodeps zu installieren, auch wenn die Abhängigkkeiten nicht erfüllt sind. Eine sehr unschöne Sache, aber es gibt Situationen, in denen man manchmal um diesen Parameter froh ist.
Viele Anwender finden die Abhängigkeitsprüfung eine tolle Sache, andere wiederum sehen inzwischen ein, dass es sich dabei auch um eine 'Dependency hell' handeln kann.
Ein Manko ist auch die Tatsache, dass es Inkonsistenzen zwischen dem Paketmanager und der tatsächlich instalierten Software geben kann.
Nehmen wir an, Programm B benötigt zur Installation die Bibliothek A.
Da die Bibliothek A jedoch nur im Quellcode und nicht als Paket zur Vefügung stand, hat sie der Systemadministrator manuell kompiliert und im Dateisystem an die richtige Stelle kopiert.
Sobald man nun versucht, Programm B zu installieren, wird sich der Paketmanager dennoch beschweren, denn er weiß nichts davon, dass Bibliothek A auf der Festplatte vorhanden ist.
Dieses Problem löst man normalerweise, indem man auch Software, die man selbst kompiliert als Paket installiert. Hier helfen tools wie checkinstall.
Siehe auch SystemSchwächen.
Mittlerweile gibt es auch für Quellcode Pakete Möglichkeiten eine Art rudimentären Paketmanager benutzen zu können, was für Leute die Linux from Scratch benutzen von nutzen sein könnte. Diese Programme zeichnen Änderungen am System auf. Somit steht einer sauberen Deinstallation einer Software nichts mehr im Wege. Ein Beispiel für ein solches Logger Programm wäre install-log bzw das Bash script lpm.